Відповідно до принципу комплементарного спарювання основ ДНК, оранжево-червоний зонд MALT1 і зелений зонд MALT1 використовували для гібридизації з цільовою послідовністю ДНК у ядрі, а інформацію про стан гена в ядрі спостерігали та аналізували під флуоресцентним мікроскопом.